由于腎盂腎炎往往表現(xiàn)出一定的全身性癥狀，有時候會被忽視腎盂腎炎的可能，或者和腎小球腎炎、其他尿路感染等相混淆。
在臨床上，有全身水腫，高血壓、腎小球圓形血尿含量較多的蛋白尿等腎小球病情癥狀時，才能判定為腎小球腎炎；而腎盂腎炎主要還是表現(xiàn)出全身性的炎性癥狀，如發(fā)燒、寒戰(zhàn)、頭痛、嘔吐等情況，以及尿路刺激癥狀。雖然在后期，腎盂腎炎的發(fā)展同樣會影響腎小球的功能，癥狀復雜需要經過仔細檢查才能辨別，在發(fā)病前期，兩者的癥狀區(qū)別還是容易分清楚的。
腎盂腎炎屬于上尿路感染，容易與膀胱炎等下尿路感染相混淆。通過實驗室的細菌培養(yǎng)可以區(qū)分。此外，腎盂腎炎還應與腎和泌尿系統(tǒng)結核、尿道綜合征等區(qū)別。
腎盂腎炎分為急性期和慢性期。急性期患者，包括急性腎盂腎炎及慢性腎盂腎炎急性發(fā)作。這時候的疾病特點是起病急，常有怕冷、寒戰(zhàn)、發(fā)熱。體溫可迅速升高達39℃～40℃，并伴有頭痛、乏力、嘔吐、腰酸、腰痛、肚子痛等感染癥狀。上行感染者在發(fā)熱前先出現(xiàn)尿頻、尿急、尿痛等膀胱刺激癥狀。有的患者還可出現(xiàn)膿尿或血尿。這里的尿頻不是說患者夜尿頻繁，而是白天小便次數(shù)也很多，一個小時一次或多次。
慢性期患者，一般是病程超過半年，多是曾經有急性發(fā)作，但也有不少人，沒有明顯急性起病階段而直接確診為患慢性腎盂腎炎的病例。這一期的患者表現(xiàn)不一，常見不規(guī)律的低熱、疲倦、乏力、腰酸、腰痛，而尿頻、尿急、尿痛等尿路癥狀多不明顯，有的患者可長期無自覺癥狀，只有檢查尿液才能發(fā)現(xiàn)異常。晚期可出現(xiàn)頭暈、頭痛、嗜睡、浮腫、厭食、嘔吐、貧血等腎衰和尿毒癥癥狀。
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